1.办理电子申请用户注册手续
首先，办理注册的方式为当面注册、邮寄注册和网上注册3种方式。其中，当面注册包括专利局受理大厅注册和代办处注册。其次，用户注册应具备的材料包括：电子申请用户注册请求书、电子申请用户注册协议和相关证明文件（例如加盖公章的代理机构注册证的复印件等）。
2.制作电子申请文件前的准备
首先，下载、安装客户端系统。下载地址为网站首页（http://www.cponline.gov.cn）上的【工具下载】栏。下载并安装完成后，还需根据具体环境进行网络设置。其次，下载用户数字证书。下载地址为网站首页的【证书管理】栏。
3.制作电子申请文件
首先，用户应了解并学会使用电子申请客户端系统的功能，即电子申请文件制作（客户端编辑器）、案卷管理、通知书管理、数字证书管理、系统设置等功能。其次，使用客户端编辑器，选择表格模版进行编辑，步骤为首先【选择表格模版】，然后【填写或修改文件内容】，最后【保存】。第三，对于普通的发明专利申请和实用新型专利申请，可以使用客户端编辑器导入部分WORD、PDF格式的文件。
4.提交前检查文件
保存文件后，用户可以使用编辑器重新打开文件进行检查，以确保文件内容完整、准确，图片显示正常。
5.使用数字证书签名
用户在客户端首界面的【签名】项中，选择签名证书并点击【签名】，则成功完成签名操作，文件进入待发送目录。
6.提交文件并接收回执
用户在待发送目录下选择要提交的文件，在客户端首界面上选择【发送】，并点击【开始上传】，则文件提交成功并进入已发送目录。文件提交成功后，用户可以接收并查看回执，回执的内容主要包括接收案件编号、发明创造名称、提交人姓名或名称、国家知识产权局收到时间、国家知识产权局收到文件情况等。
7.接收电子申请通知书
用户在客户端首界面上点击【接收】，选择签名证书并点击【获取列表】，选择要下载的通知书后，点击【开始下载】，即可查看该通知书。
8.提交证明文件
根据专利法及其实施细则、专利审查指南规定的应当以原件形式提交的相关文件，申请人可以只提交原件的电子扫描文件；确因条件限制无法提交电子扫描文件的，可以提交原件。对前一情形，必要时审查员可以要求申请人在指定期限内提交原件。
9.登陆网站查询相关信息
首先，可进行提交案件情况查询，包括基本信息、案件提交信息、通知书信息等。其次，可进行电子发文查询，包括申请号、发明创造名称、通知书名称等。